Protein Docking（GeoDock）

1 简介

GeoDock是一种新型的多轨道迭代变换器网络，旨在解决传统蛋白质对接算法和现有深度学习方法的局限性。它能够预测来自不同对接伙伴的对接结构，允许在蛋白质残基水平上具有灵活性，以适应结合时的构象变化。GeoDock在单个GPU上的平均推理速度不到一秒，使其能够应用于大规模结构筛选。

图1. GeoDock的整体架构

图2. GeoDock的性能表现

2 参数说明

• partner1: partner1蛋白的PDB文件
• partner2: partner2蛋白的PDB文件
• output name: 输出结果的名字

3 结果说明

GeoDock预测partner1与partner2对接后的复合体构象

4 参考文献

[1] Chu LS, Ruffolo JA, Harmalkar A, Gray JJ. Flexible Protein-Protein Docking with a Multi-Track Iterative Transformer. bioRxiv [Preprint]. 2023 Jul 1:2023.06.29.547134. Update in: Protein Sci. 2024 Feb;33(2):e4862. PMID: 37425754; PMCID: PMC10327054. https://doi.org/10.1101/2023.06.29.547134